Tháng 10/2010, Hà lấy được bản thảo và chuyển cho Hùng nhưng thiếu tờ đầu và cuối
Nha Trang và tỉnh Khánh Hòa, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến tình hình an ninh chính trị, thứ tự an toàn tầng lớp; uy tín nhiều cán bộ lãnh đạo của tỉnh.Đại diện Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Khánh Hòa tại phiên xử đã yêu cầu mức án 5 - 6 năm đối với bị cáo Hùng và 4 - 5 năm tù đối với bị cáo Hà. Hành vi nêu trên của ông Phạm Hùng đã có đủ dấu hiệu cấu thành tội “Làm mất tài liệu bí hiểm Nhà nước”, do đó cần được khởi tố, điều tra, xử lý theo quy định của luật pháp, tránh bỏ lọt tù hãm. Các đối tượng này đã dùng nội dung trong bản thảo nêu trên làm đơn cáo giác, vu khống nhiều lãnh đạo tỉnh Khánh Hòa và TP Nha Trang, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến tình hình an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội tại địa phương.
Các đối tượng đã lấy nội dung bản thảo trên làm đơn cáo giác, vu khống nhiều cán bộ lãnh đạo của TP. Đây là tài liệu mật trong ngành thanh tra nhưng để cho Nguyễn Mạnh Hà lấy được bản dự thảo trên gửi cho Trần Anh Hùng và Trần Anh Hùng đã phát tán cho nhiều đối tượng. Do quen biết với Nguyễn Mạnh Hà, Thanh tra viên công tác tại Phòng 2, Cục II, TTCP, nên Trần Anh Hùng đã nhờ Hà lấy thưa trên.
Ngày 8/11/2010, Hà dùng bút xóa xóa hết phần hình thức của văn bản rồi điện thoại để công nhận Hùng sẽ trực thu nhận tài liệu, rồi fax nốt phần tài liệu còn lại cho Hùng. Tân Lập, TP Nha Trang; Giám đốc Công ty Dịch vụ thương nghiệp hàng hải Tam Đảo) và tòng phạm cho Viện KSND tỉnh Khánh Hòa.
Trước đó, ngày 16/8, TAND tỉnh Khánh Hòa đã xét xử sơ thẩm đối với bị cáo Trần Anh Hùng và Nguyễn Mạnh Hà (nguyên Thanh tra viên Phòng 2, Cục II, Thanh tra Chính phủ - TTCP) về tội Cố ý làm lộ bí mật Nhà nước.
Sau khi nhận được dự thảo ít kết luận thanh tra dự án Phước Long của TTCP, Hùng đã đưa cho ông Nguyễn Hữu Dinh, nguyên chủ toạ UBND phường Phước Long, là người bị kiến nghị xử lý xem và một số người khác. Tòa yêu cầu điều tra bổ sung đối với ông Phạm Hùng, Thanh tra viên thuộc Cục 2 Thanh tra Chính phủ, đối tượng đã có hành vi làm mất bản dự thảo thưa kết luận xác minh cáo giác, khiếu nại của công dân can hệ đến dự án Khu đô thị mới Phước Long TP Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa.
Hai bị cáo Trần Anh Hùng, Nguyễn Mạnh Hà tại phiên xử sáng nay. Ông Đỗ Thành Luân, thành viên đoàn đã phô tô 7 bản (không tính bản gốc) để phát cho người dự họp, nhưng sau đó phiên họp bị hoãn.
Sau khi nhận Hùng phát hiện thiếu 2 tờ nên giục Hà gửi tiếp. Theo cáo trạng, ngày 18/6/2010, Tổng TTCP quyết định thành lập đoàn thanh tra để thẩm tra, xác minh nội dung khiếu nại, cáo giác của công dân đối với Dự án Khu thành phố mới Phước Long. Theo đó, HĐXX TAND tỉnh Khánh Hòa nhận định: cứ điều 179 và 199 Bộ luật Tố tụng hình sự, cứ kết quả xét hỏi, tranh biện tại phiên tòa, xét thấy cần xem xét thêm những bằng chứng quan yếu của vụ án mà không thể bổ sung tại phiên tòa nên HĐXX quyết định trả hồ sơ vụ án hình sự đối với bị cáo Trần Anh Hùng (sinh năm 1957, trú P.
Ngày 6/10/2010, các thành viên trong đoàn thống nhất nội dung dự thảo và in sao để ít kết quả với lãnh đạo.